Die erste große "Gezerah" (Vertreibung und Ermordung der Juden) ist mit 1420 unter Erzherzog Albrecht V. datiert. Unter dem Eindruck der plündernd einfallenden Hussitenbanden (siehe Beitrag "Unbekanntes Wien - Apokalypse Now") aus Böhmen und seiner akuten Geldnot läßt Albrecht V. einen Großteil der Wiener Juden mit ruderlosen Schiffen auf der Donau aussetzen, wo sie dann nach gefährlicher Fahrt vom ungarischen König Sigismund freundlich aufgenommen werden. Die reicheren Juden in Wien werden verhaftet, enteignet, gefoltert und unter der Anschuldigung der Hostienschändung auf der Gänseweide an der Erdberger Lände verbrannt.

Noch heute erinnert eine Gedenktafel am Judenplatz 2.

Im 16. Jahrhundert wird erstmals gezielt ein jüdisches Ghetto im zweiten Bezirk geschaffen, der damals noch "Unterer Werd" heißt. Auch wenn die Bevölkerung dort abgeschlossen lebt, entsteht ein blühender Handel zwischen Donau und Donaukanal mit einer fortschrittlichen, jüdischen Stadtverwaltung: Die erste Straßenreinigung und Müllabfuhr auf Wiener Boden entsteht dort. Sehr bald aber häufen sich wieder antisemitische Stimmen in der Wiener Bevölkerung, so daß Kaiser Leopold I., auch unter dem Eindruck seiner judenfeindlich gesinnten, spanischen Ehefrau Margarita Teresa (ihre Portraits angefertigt von Velazquez, befinden sich heute im Kunsthistorischen Museum), die gesamte jüdische Bevölkerung aus dem zweiten Bezirk vertreiben läßt und diesem entvölkerten Stadtgebiet seinen eigenen Namen gibt: Leopoldstadt.

Sehr bald aber braucht der Kaiser angesichts der herannahenden Truppen des Osmanischen Reiches wieder die Unterstützung jüdischer Geldgeber, "dann bei den Christen und sonderlich den Wienern die Faulheit gar zu groß ist." (aus "Jüdisches Wien", H. Gstrein, S. 18). Die sogenannten Hofjuden , allen voran Samuel Oppenheimer, sind maßgeblich vor allem als Geld - und Waffenlieferanten an der Entsatzschlacht Wiens 1683 und dem Zurückdrängen der Türken in den Balkan beteiligt.